В июле 2015 года на форуме журнала «Новости космонавтики» появилось сообщение о возможности назначения Сергея Рязанского командиром основного экипажа корабля «Союз МС-07».
26 августа 2015 года японское космическое агентство JAXA сообщило о назначении Норисигэ Канаи (Norishige Kanai) членом 54/55 основной экспедиции на МКС, со стартом на корабле «Союз МС-07» в ноябре 2017 года.
08 сентября 2015 года на форуме журнала «Новости космонавтики» появилось сообщение о предварительном назначении в экипаж корабля «Союз МС-07» Сергея Рязанского, Норисигэ Канаи и астронавта НАСА Рэндольфа Брезника (Randolph Bresnik).
05 октября 2015 года в Центре подготовки космонавтов имени Ю.А. Гагарина состоялось представление руководству и сотрудникам ЦПК бортинженера основного экипажа МКС-54/55 астронавта НАСА Рэндольфа Брезника. За время двух тренировочных сессий (первая - 4,5 недели, вторая – 5 недель) до конца 2015 года будет проходить подготовку, включающую изучение конструкции и систем транспортного пилотируемого корабля «Союз МС» и российского сегмента МКС. Стал первым астронавтом, направленным на полный курс подготовки к полету на корабле «Союз МС».
1 - 3 февраля 2016 года экипаж в составе Сергея Рязанского, Норисигэ Канаи и Рэндольфа Брезника прошел тренировку по действиям в случае аварийной посадки в лесисто-болотистой местности зимой. На протяжении трёх дней экипаж выполнял циклограмму тренировки, преодолевая трудности работы в непростых погодных условиях.
6 мая 2016 года. В пресс-релизе НАСА 16-047 официально объявлен экипаж корабля «Союз МС-07»: Сергей Рязанский, Норисигэ Канаи и Рэндольф Брезник.
24 - 28 июня 2016 года. На базе 179-го Центра МЧС в городе Ногинск Московской области экипаж в составе Сергея Рязанского, Норисигэ Канаи и Рэндольфа Брезника прошел тренировки по «водному выживанию». 24 июня экипаж выполнил задачи так называемой «сухой» тренировки, 27 июня - «длинной» тренировки, а 28 июня - «короткой» тренировки.
7 сентября 2016 года на заседании Межведомственной комиссии было в предварительном порядке определено, что в ноябре 2017 года на корабле «Союз МС-07» на орбиту отправится экипаж в составе Александра Скворцова и Скотта Тингла.
22 октября 2016 года на форуме фурнала «Новости космонавтики» появилось сообщение, что в экипаж корабля «Союз МС-07» войдут Александр Скворцов, Скотт Тингл и Норисигэ Канаи.
28 октября 2016 года на форуме фурнала «Новости космонавтики» появилось сообщение, что в дублирующий экипаж корабля «Союз МС-07» назначены Антон Шкаплеров, Александер Герст и Джанетт Эппс. Позднее в тот же день эти назначения были подтверждены в сообщении на сайте Роскосмоса.
24 марта 2017 года на форуме журнала «Новости Космонавтики» появилось сообщение о том, что на заседании ГКМ 14 марта 2017 года Александр Скворцов был признан временно не годным к тренировкам в составе экипажа по состоянию здоровья из-за травмы, полученной во время спортивного занятия. В связи с этим 15 марта в основном экипаже корабля его сменил Антон Шкаплеров.
21 апреля 2017 года на заседании межведомственной комиссии (МВК) Антон Шкаплеров был утвержден в качестве командира основного экипажа корабля «Союз МС-07», а Сергей Прокопьев - командиром дублирующего экипажа.
25 августа 2017 года. По просьбе НАСА запуск корабля «Союз МС-07» перенесен с 27 на 17 декабря, чтобы первые операции на орбите не совпали с рождественскими праздниками. В связи с этим стыковка со станцией будет проходить по двухсуточной схеме.
22 сентября 2017 года. Источник в ракетно-космической отрасли сообщил агентству ТАСС, что запуск ТПК «Союз МС-07» планируется выполнить по двухвитковой схеме. В свою очередь в госкорпорации «Роскосмос» отметили, что «решение о запуске пилотируемого «Союза» будет принято только после анализа полета «Прогресса» по укороченной схеме».
28 сентября 2017 года. В газета Известия появилось сообщение, подтверждающее, что госкорпорация «Роскосмос» по просьбе NASA изменила дату запуска очередной пилотируемой экспедиции на МКС с 27 декабря на 17 декабря. Для экипажа корабля «Союз МС-07» это означает более протяженный полет к станции — двое суток вместо нескольких часов. По информации «Известий», перенос осуществлен по просьбе NASA, где стремились обеспечить своим сотрудникам не отягощенные работой рождественские каникулы.
2 октября 2017 года. В монтажно-испытательный корпус площадки 254 космодрома Байконур доставлен ТПК «Союз МС-07». Совместный расчет специалистов предприятий Роскосмоса провел осмотр и приемку корабля. Транспортный пилотируемый корабль был выгружен из вагона и установлен в стапель для проведения испытаний.
9 ноября 2017 года. На площадке 254 космодрома Байконур специалисты предприятий Роскосмоса транспортировали ТПК «Союз МС-07» в безэховую камеру (БЭК). В течение нескольких дней в БЭК будут проводиться испытания радиосистем космического корабля, обеспечивающих оперативную связь, передачу телеметрии и использующихся при сближении и стыковке ТПК с Международной космической станцией.
28 ноября 2017 года. В Центре подготовки космонавтов начались комплексные экзаменационные тренировки основного и дублирующего экипажей МКС-54/55. Дублирующий экипаж (Сергей Прокопьев, Александер Герст и Джанетт Эппс) отработали элементы программы полёта на тренажере ТПК «Союз МС». Основной экипаж (Антон Шкаплеров, Скотт Тингл и Норисигэ Канаи) прошел экзаменационную тренировку на тренажёре российского сегмента Международной космической станции.
29 ноября 2017 года. В Центре подготовки космонавтов завершились комплексные экзаменационные тренировки основного и дублирующего экипажей. Тренировка основного экипажа МКС-54/55 прошла на тренажере ТПК «Союз МС», дублирующего экипажа – на тренажере российского сегмента МКС.
4 декабря 2017 года. В Центре подготовки космонавтов имени Ю.А.Гагарина состоялись торжественные проводы основного и дублирующего экипажей МКС-54/55, убывающих на космодром Байконур, где продолжится предполетная подготовка космонавтов. По окончании тожественных мероприятий автобус с экипажами отправился на подмосковный аэродром Чкаловский, откуда двумя спецбортами космонавты и астронавты вылетели в Казахстан для прохождения завершающего этапа предстартовой подготовки. Основной экипаж прибыл на космодром бортом RF-65150, дублирующий - бортом RF-65152.
5 декабря 2017 года. На космодроме Байконур в соответствии с графиком подготовки космонавты и астронавты прибыли в монтажно-испытательный корпус 254-й площадки космодрома для прохождения первой тренировки («примерки») в ТПК «Союз МС-07». В ходе предстартовой подготовки экипажи прошли вводный инструктаж по мерам безопасности и ознакомились с порядком работы экипажей. Под контролем специалистов основной и дублирующий экипажи проверили оборудование, с которым им предстоит работать в космосе.
7 декабря 2017 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» успешно выполнили операции по заправке ТПК «Союз МС-07» компонентами топлива и сжатыми газами. После заправки корабль доставлен в монтажно-испытательный комплекс космических аппаратов (МИК КА) и установлен в стапель для проведения дальнейших предстартовых работ.
8 декабря 2017 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» успешно завершили комплекс технологических операций по стыковке ТПК «Союз МС-07» с переходным отсеком.
11 декабря 2017 года. На космодроме Байконур специалисты РКК «Энергия» провели авторский осмотр ТПК «Союз МС-07» и выполнили комплекс технологических операций по накатке головного обтекателя ракеты-носителя «Союз-ФГ».
13 декабря 2017 года. Головной блок ракеты-носителя «Союз-ФГ» с космическим кораблем «Союз МС-07» перевезен из монтажно-испытательного корпуса (МИК) космических аппаратов в МИК ракет-носителей на 112-й площадке космодрома на общую сборку.
13 декабря 2017 года. На космодроме Байконур основной и дублирующий экипажи 54/55-й длительной экспедиции на МКС провели контрольную «примерку» транспортного пилотируемого корабля «Союз МС-07». По окончании вводного экипажи инструктажа ознакомились с составом и размещением грузов и снаряжения в спускаемом аппарате и бытовом отсеке, а затем осмотрели корабль «Союз МС-07». После осмотра, доложив об отсутствии замечаний по результатам контрольной «примерки» и поблагодарив всех специалистов за проделанную работу, экипажи посетили сборочный цех филиала ФГУП ГНПРКЦ «ЦСКБ-Прогресс» на 112-й площадке космодрома, где осмотрели ракету-носитель, которая выведет ТПК на орбиту.
14 декабря 2017 года. В течение дня специалисты РКК «Энергия» успешно выполнили комплекс технологических операций по общей сборке ракетно-космического комплекса: головной блок с кораблём был пристыкован к третьей ступени ракеты в монтажно-испытательном корпусе ракет-носителей. В этот же день представители технического руководства и государственной комиссии на космодроме Байконур выдали заключение о готовности ракетно-космического комплекса в составе ТПК «Союз МС-07» и ракеты-носителя «Союз-ФГ» к вывозу и установке на стартовом комплексе.
15 декабря 2017 года. Ракета-носитель среднего класса «Союз-ФГ» с транспортным пилотируемым кораблём «Союз МС-07» вывезена из монтажно-испытательного корпуса и установлена на стартовом комплексе площадки № 1 «Гагаринский старт» космодрома Байконур. Начались работы по программе первого стартового дня.
16 декабря 2017 года. На космодроме Байконур состоялось заседание Государственной комиссии по проведению лётных испытаний пилотируемых космических комплексов, которая утвердила составы основного и дублирующих экипажей ТПК «Союз МС-07»:
В состав основного экипажа вошли:
Антон Шкаплеров - командир корабля, бортинженер МКС-54 и командир МКС-55;
Скотт Тингл - бортинженер-1 ТПК «Союз МС-07», бортинженер МКС-54/55;
Норисигэ Канаи - бортинженер-2 ТПК «Союз МС-07», бортинженер МКС-54/55.
В состав дублирующего экипажа вошли:
Сергей Прокопьев - командир корабля, бортинженер МКС;
Александер Герст - бортинженер-1 ТПК «Союз МС-07», бортинженер МКС;
Джанетт Эппс - бортинженер-2 ТПК «Союз МС-07», бортинженер МКС.
17 декабря 2017 года. В 07:21:01.127 UTC (10:21:01.127 мск) с ПУ № 5 площадки № 1 космодрома Байконур стартовыми командами ГК «Роскосмос» осуществлен пуск РН «Союз-ФГ» (11А511У-ФГ) № Р15000-061 с транспортным пилотируемым кораблем «Союз МС-07» [№ 737, ISS-53S]. После отделения на 528-й секунде полета корабля «Союз МС-07» от третьей ступени ракеты-носителя специалисты Главной оперативной группы управления российским сегментом МКС (ГОГУ РС МКС) в Центре управления полётами приступили к управлению его полётом.
Корабль вышел на орбиту с параметрами:
19 декабря 2017 года. В 08:39:02 UTC (11:38:02 мск) ТПК «Союз МС-07» успешно состыковался с МКС. Сближение и стыковка ТПК «Союз МС-07» со станцией прошли согласно программе полёта корабля по двухсуточной схеме сближения после выведения на орбиту. Стыковка проведена полностью в автоматическом режиме под контролем специалистов ГОГУ РС МКС в ЦУП и российских членов экипажей транспортного корабля и станции. После выполнения ряда подготовительных операций (контроль герметичности отсеков и стыка, выравнивание давления и др.) между кораблем и МКС были открыты переходные люки, и в (10:55 UTC) 13:55 мск прибывшие участники экспедиции перешли на борт станции.
23 января 2018 года состоялся выход в открытый космос по американской программе. Во время выхода астронавты Марк Ванде Хей и Скотт Тингл
провели плановые работы по обслуживанию МКС и заменили ряд элементов манипулятора Canadarm2.
Выход в космос начался в 11:49 и продолжался до 19:13 UTC. Продолжительность пребывания астронавтов в открытом космосе составила
.
2 февраля 2018 года состоялся выход в открытый космос по российской программе. Во время выхода космонавты Антон Шкаплеров и Александр Мисуркин
демонтировали и выбросили выводимое из эксплуатации приёмное устройство антенны на агрегатном отсеке СМ «Звезда» и установили на приборный блок остронаправленной антенны радиотехнической системы «Лира» новый приёмный модуль широкополосной системы связи, позволяющей существенно увеличить пропускную способность и эффективность передачи телеметрической и целевой информации в режиме реального времени с помощью спутниковой системы «Луч», а также провели ряд дополнительных работ с оборудованием на внешней поверхности станции.
Выход в космос начался в 15:34 и продолжался до 23:46 UTC. Продолжительность пребывания космонавтов в открытом космосе составила
.
16 февраля 2018 года состоялся выход в открытый космос по американской программе. Во время выхода астронавты Марк Ванде Хей и Норисигэ Канаи
перенесли неработающий захватный механизм LEE-B механического манипулятора Canadarm2 в шлюзовой отсек Quest для последующего его возвращения на Землю, проведения ремонта и повторной доставки на МКС, второй неисправный захват перенесли с внешней платформы ESP-2 на узел POA на Мобильной базовой системе MBS, провели обслуживание установленного в прошлом выходе захвата манипулятора SSRMS, осуществили монтаж инструмента RMCT на насадке модуля Dextre, провели переустановку подкоса на запасной поворотной муфте с гибкими аммиачными магистралями FHRC на внешней платформе ESP-2.
Выход в космос начался в 12:08 и продолжался до 17:57 UTC. Продолжительность пребывания астронавтов в открытом космосе составила
.
3 июня 2018 года. В 06:02 UTC (10:02 мск) были закрыты переходные люки между ТПК «Союз МС-07» и модулем МИМ-1 «Рассвет». В 09:16:30 UTC (12:16:30 мск) ТПК «Союз МС-07» успешно отстыковался от Международной космической станци. В 11:47 UTC (14:47 мск) прошла команда на включение двигателя корабля на торможение. Двигатель проработал 4 мин.42 сек.
В 12:39:42 UTC (15:39:42 мск) спускаемый аппарат ТПК «Союз МС-07» с космонавтом Антоном Шкаплеровым, и астронавтами Скоттом Тинглом и Норисигэ Канаи совершил посадку в казахстанской степи в 147 километрах юго-восточнее города Жезказган.
Продолжительность полета составила .