К середине лета 2015 года старт корабля Dragon по программе CRS-9 планировался на 9 декабря 2015 года. Однако после аварии РН Falcon 9 c кораблем Dragon CRS-7 появились сообщения, что он может быть отложен.
9 сентября 2015 года полет был официально перенесен на начало 2016 года.
29 сентября 2015 года старт был перенесен на 21 марта 2016 года.
20 января 2016 года старт был отложен на более поздний срок.
8 марта 2016 года старт был назначен на 24 июня 2016 года.
6 мая 2016 года старт был назначен на 27 июня 2016 года.
23 мая 2016 года старт был пересен на 16 июля 2016 года.
23 июня 2016 года старт был пересен на 18 июля 2016 года.
18 июля 2016 года в 04:45 UTC (07:45 мск) с площадки SLC-40 Станции ВВС США «Мыс Канаверал» стартовыми расчетами компании SpaceX при поддержке боевых расчетов 45-го космического крыла ВВС США осуществлен пуск ракеты-носителя Falcon-9 (027) с грузовым транспортным кораблем Dragon CRS-9. Пуск успешный, корабль выведен на расчетную орбиту.
Первая ступень ракеты в 04:53 UTC (07:53 ДМВ) успешно приземлилась на мысе Канаверал.
20 июня 2016 года. В 10:56 UTC (13.56 мск) астронавты Джефф Уильямс и Кейт Рубинс осуществили захват корабля Dragon CRS-9 с помощью манипулятора станции Canadarm2. В 14:03 UTC (17:03 мск) были закручены все 16 болтов на стыковочном механизме надирного порта модуля Harmony, к которому был пристыкован корабль.