9 ноября 2016 года в статье Криса Бергена (Chris Bergin) на сайте NASA spaceflight.com со ссылкой на NASA’s Flight Planning Integration Panel (FPIP) сообщалось, что полет корабля Dragon по программе снабжения МКС CRS-16 / SpX-16 намечен на август 2018 года.
28 декабря 2017 года на сайте Spaceflight Now появилось сообщение, что полет корабля Dragon по программе снабжения МКС CRS-16 / SpX-16 намечен на 16 ноября 2018 года.
29 июня 2018 года на сайте Spaceflight Now появилось сообщение, что полет корабля Dragon по программе снабжения МКС CRS-16 / SpX-16 намечен на 29 ноября 2018 года.
5 декабря 2018 года в 18:16 UTC (21:16 мск) с площадки SLC-40 Станции ВВС США Мыс Канаверал) стартовыми командами компании SpaceX при поддержке боевых расчетов 45-го Космического крыла ВВС США осуществлен пуск РН Falcon-9 с грузовым кораблем Dragon CRS-16. При запуске использовалась первая ступень [#1050], запланировананя посадка на мысе Канаверал в зоне LZ1 не удалась, ступень опустилась в море. Сам корабль нерез 9 минут после старта корабль отделился от носителя и вышел на околоземную орбиту. В полете используется уже летавший в феврале 2017 года спускаемый аппарат C1-12.
8 декабря 2018 года. Dragon прибыл к МКС немного позже расчетного времени в субботу из-за проблем со связью. Стыковка со станцией началась с захвата Dragon механическим манипулятором Canadаrm2 в 12:21 UTC, на борту МКС ее контролировали астронавт ЕКА Александр Герст, астронавты НАСА Серина Ауньон-Чанселлор и Энн Макклейн. В 15:36 UTC корабль был пристыкован к надирному порту модуля Harmony.
13 января 2019 года. С помощью манипулятором Canadarm корабль Dragon был отстыкован от МКС и в 23:33 UTC (14 января 02:33 мск) был выпущен из захватов манипулятора. После отдаления корабля от станции 14 января в 04:19 UTC (07:19 мск) был выдан тормозной импульс, и в 05:12 UTC (4 августа в 08:12 мск) спускаемый аппарат корабля успешно приводнился в Тихом Океане к юго-западу от Лос-Анджелеса. Продолжительность полета составила 39 дней 10 часов 56 минут.