Графический символ экипажа разработан художником из Нидерландов Люком ван ден Абеленом (Luc van den Abeelen) и утвержден Роскосмосом 23 января 2018 года.
Круглая форма эмблемы «Союза МС-09» символизирует форму земного шара, внутри которого видна Белуха – самая высокая гора Алтая, что напоминает о позывном экипажа. Летящая над Землей по направлению к Международной космической станции тройка белых лебедей олицетворяет троих членов экипажа.
По словам командира экипажа Сергея Прокопьева, силуэты белых лебедей напоминают ему о службе на стратегическом бомбардировщике-ракетоносце Ту-160, известном под неофициальным названием «Белый лебедь».
Шесть звезд на фоне черноты космоса символизируют сменяющие друг друга экспедиции на МКС. Золотой силуэт орбитального форпоста показан вверху эмблемы. Немного ниже расположены номера основных экспедиций такого же золотистого оттенка.
Логотип госкорпорации «Роскосмос» помещен в середину надписи «Союз МС-09». По периметру эмблемы выписаны фамилии членов экипажа. Бордюр рядом с именами космонавтов окрашен в цвета национальных флагов их стран. Против фамилии командира экипажа помещен летящий космический корабль «Союз».
