То, что мы обычно называем третьим набором астронавтов ЕКА, не являлся набором в прямом смысле этого слова. Это был длительный процесс, когда места выбывающих астронавтов занимают другие, отобранные по национальной квоте. Происходило это в разные моменты времени, и каждый раз по разному.
Началось все 25 марта 1998 года, когда Совет ЕКА принял решение о создании единого Европейского отряда астронавтов в количестве 16 человек (по четыре астронавта от Германии, Франции и Италии и четыре от всех других государств - членов ЕКА). При этом национальные отряды астронавтов должны были быть аспущена не позднее июня 2000 года.
В августе 1998 года отряд пополнился первыми новыми астронавтами: это были пятеро уже опытных астронавтов из национальных отрядов Франции, Германии и Италии:
- Leopold Eyharts (Леопольд Эйартц), Франция
- Jean-Pierre Haignere (Жан-Пьер Эньере), Франция
- Gerhard Thiele (Герхард Тиле), Германия
- Hans Schlegel (Ханс Шлегель), Германия
- Umberto Guidoni (Умберто Гуидони), Италия
Кроме того, в Италии был проведен специальный набор новых кандидатов, финалистами которого стали Paolo Nespoli (Паоло Несполи) и Roberto Vittori (Роберто Виттори), включенные в отряд ЕКА в августе 1998 года. А в октябре 1998 года в отряд был зачислен космический «новобранец» из Голландии Andre Kuipers (Андре Кейперс), который участвовал еще во втором наборе в 1992 году.
В 1999 году формирование отряда было продолжено. Его пополнили три опытных астронавта: в феврале Reinhold Ewald (Райнхольд Эвальд) из Германии, а в ноябре Michel Tognini (Мишель Тонини) и Claudie André-Deshays (Клоди Андре-Деэ) (оба из Франции).
В январе 2000 года в отряд был зачислен Frank De Winne (Фрэнк Де Винн) из Бельгии, котрый был отобран еще для набора 1992 года.
В декабре 2002 года в отряд был включен еще один опытный астронавт - Philippe Perrin (Филипп Перрэн) из Франции, совершивший к тому времени уже один космический полет.
После ухода из отряда некоторых астронавтов (из всех наборов) к апрелю 2003 года численность отряд ЕКА составила 16 человек. Одного из первого набора 1977 года, четырех из второго набора 1992 года, и 11 из начавшегося в 1998 году третьего набора. В настоящее время среди активных астронавтов остается <12 человек, зачисленных в отряд в разное время.